Kolon kanserinde yürütülen yeni çalışmalar, hastaya özel tedavilerin artık laboratuvar ortamında test edilmesine olanak sağlıyor. Acıbadem Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıp Bilişimi ve Biyoistatistik Anabilim Dalı Başkanı Prof. Dr. Uğur Sezerman, kolon kanserinde geliştirilen bu çığır açıcı yöntemi anlatıyor:
“Kolon kanserinde yeni çağ: Tümör laboratuvarda kopyalanıyor, en etkili ilaç kopya üzerinde denenerek hastaya veriliyor”
Hastaya özel tedavi laboratuvar ortamında belirleniyor
Yeni yöntemde, kolon kanseri hastasından alınan tümör dokusu laboratuvarda kopyalanarak üç boyutlu bir “organoid” model oluşturuluyor. Bu model üzerinde farklı ilaçlar test edilerek, her hasta için en etkili tedavi seçeneği önceden belirleniyor. Yapay zekâ destekli bu yaklaşım, hem dünyada hem Türkiye’de bir ilk olma özelliği taşıyor.
Acıbadem Üniversitesi ve İzmir Biyotıp ve Genom Merkezi iş birliğiyle yürütülen projede, yaklaşık 6 hafta içinde hastanın tümörüne en uygun ilacın tespit edilmesi hedefleniyor.
Prof. Dr. Sezerman: “Artık çok katmanlı veri analizi kaçınılmaz”
Bioinformatik alanında uzun yıllardır çalışmalar yaptıklarını belirten Prof. Dr. Uğur Sezerman, kanserde çok katmanlı veri analizinin önemine dikkat çekiyor:
“Bioinformatik; tıbbi verileri bilgisayar tabanlı yaklaşımlarla analiz ederek tanı ve tedavide kullanılacak yöntemler geliştiren bir alan. Günümüzde DNA dizileme teknolojileri sayesinde elimizde çok büyük miktarda veri var. Özellikle kanserde, tümör dokusunu ve kandan elde edilen DNA’yı dizileyerek tümöre özgü somatik varyasyonları tespit edebiliyoruz.”
Prof. Dr. Sezerman, tümörün heterojen yapısını ve farklı klonlarını belirleyerek tetikleyici mekanizmaları ortaya çıkardıklarını vurguluyor:
“Tümör içindeki farklı klonları ve her birinin ‘driver’ dediğimiz tetikleyici mekanizmalarını belirleyebiliyoruz. Böylece tümördeki çeşitliliği yakalamış oluyoruz.”
DNA yetmez: Çok katmanlı “Omik” analiz
Proje sadece DNA analizi ile sınırlı değil. Transkriptom ve epigenetik analizlerle tümörün genetik ve hücresel yapısı detaylı biçimde inceleniyor. Prof. Dr. Sezerman, PANACEA yöntemiyle tümörün tetikleyici genlerini ve ilaçlarla hedef alınacak genleri haritaladıklarını belirtiyor:
“Amaç; tüm tetikleyici mekanizmaları aynı anda susturabilecek en uygun ilaç ya da ilaç kombinasyonunu belirlemek.”
Laboratuvarda “Mini Organlar”
Hastadan alınan dokudan laboratuvarda üretilen üç boyutlu mini organlar, tümörün davranışını büyük ölçüde taklit ediyor:
“Hastadan alınan dokudan laboratuvar ortamında üretilen, üç boyutlu ve gerçek organa biyolojik olarak oldukça benzeyen mini doku modellerine ‘organoid’ diyoruz. Bu yapılar, tümörün hücresel mimarisini ve biyolojik davranışını büyük ölçüde taklit eder. Böylece ilaçlar, doğrudan hastanın tümörünün kopyası üzerinde denenebilir. Böylece hayvan deneylerine de ihtiyaç kalmaz.”
Dünyada ve Türkiye’de bir ilk
Proje kapsamında kolon kanseri hastasından alınan doku ile kişiye özel organoid oluşturulacak ve yapay zekâ ile tümörün tetikleyici mekanizmaları belirlenecek. Bu mekanizmaları hedefleyen ilaç adayları organoid üzerinde test edilecek.
“Organoidler özellikle kolon kanserinde kanseri mimik edecek şekilde başarıyla üretilebiliyor; ancak bizim farkımız, kişinin kanser mekanizmasını aydınlatıp doğrudan hedefe yönelik ilaçların bu model üzerinde denenmesini sağlamak. Yüzlerce ilaç denemektense, birkaç deneyle hızlı bir şekilde organoid tümör üzerinde hastaya uygun tedaviyi belirlemenin mümkün olduğu bu yöntem dünyada da bir ilk.”
Bu yöntem, yaklaşık 6 hafta içinde en etkili ilacın belirlenmesini sağlayacak ve sonuç klinisyene iletilecek.
İlk aşamada son evre hastalarda uygulanacak
FDA tarafından da onaylanan organoid sistemi, deney hayvanı kullanımını azaltma potansiyeline sahip. Prof. Dr. Sezerman, yöntemin gelecekte tanı konan her hastada uygulanabileceğini vurguluyor:
“Yöntemler geliştikçe bunu son aşamadaki hastalarda değil, hastaya ilk tanı konduğu anda uygulayabileceğiz. Böylece hasta zaman kaybetmeyecek; gereksiz ve etkisiz tedavilerle maddi ve biyolojik yük altına girmeyecek. Kolon kanserinin tüm alt türlerinde uygulanabilecek olan bu yöntem, tamamen kişiye özel bir yaklaşım sunuyor.”
TEYDEB onaylı proje kapsamında iki yıl içinde 30 hasta üzerinde uygulama tamamlanacak ve yöntem 5 yıl içinde klinik rutine girmesi hedefleniyor.
“Kanserde yeni dönem artık çok net: Tümörü tam olarak anlamadan tedaviye başlanmamalı. İlaç hastaya verilmeden önce, laboratuvarda oluşturulan tümörün kopyasında denenmeli.”
Kolon kanseri ile başlayan bu çalışma, gelecekte diğer kanser türleri ve bazı kronik bağırsak hastalıklarında da kişiye özel tedavilerin yolunu açabilir.
